Gli effetti indesiderati più frequenti sono digestivi: nausea, vomito, ulcerazioni delle mucose della bocca e perdita di appetito. Il fegato è l’organo da seguire da vicino. A bassa o media dose assunta per diversi mesi, un aumento delle transaminasi, l’ALT o l’AST, si verifica nel 15 al 50 % dei pazienti, il più delle volte lieve e transitorio; circa il 5 % supera il doppio del limite normale. A più lungo termine, quasi il 30 % dei pazienti sviluppa anomalie istologiche epatiche da lievi a moderate e dal 2 al 20 % una certa fibrosi.
Con gli schemi moderni, cioè da 5 a 15 mg in un’unica assunzione settimanale con integrazione di folati, la fibrosi e il danno epatico clinicamente manifesto restano rari, anche nel tempo. Gli effetti gravi da conoscere comprendono l’epatotossicità, la depressione midollare, le infezioni, l’insufficienza renale e la teratogenicità. Il metotrexato è classificato in categoria X e controindicato durante la gravidanza a causa del suo effetto sul feto.