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IPP pris pendant des années : vitamine B12, magnésium et effets secondaires à long terme
En 2019, plus de 16 millions de Français ont été traités par un IPP, et beaucoup le prennent depuis des années. Les études observationnelles associent cette exposition prolongée à des taux plus bas de vitamine B12, de fer et de magnésium, ainsi qu’à davantage de fractures. Un grand essai randomisé nuance une partie de ces signaux, et les agences insistent sur la réévaluation du traitement.
Par la rédaction de Layer Nutrition

Sommaire
- Quels sont les effets secondaires des IPP à long terme ?
- Pourquoi un IPP peut-il gêner l’absorption de la vitamine B12 ?
- Que montre l’étude de Lam publiée dans le JAMA en 2013 ?
- Le magnésium et le fer baissent-ils aussi sous IPP ?
- IPP, calcium et fractures : que disent les études ?
- Que recommandent les agences pour réévaluer un traitement par IPP ?
- Que faut-il signaler quand on prend un IPP depuis des années ?
Quels sont les effets secondaires des IPP à long terme ?
Les signaux les mieux documentés concernent l’absorption de certains nutriments, la vitamine B12, le magnésium et le fer, ainsi qu’un risque de fracture plus élevé1,2,3,4. D’autres associations rapportées par des études observationnelles n’ont pas été retrouvées dans un grand essai randomisé5.
Cet essai, appelé COMPASS, a réparti au hasard 17 598 patients atteints de maladie cardiovasculaire stable entre 40 mg de pantoprazole par jour et un placebo. Ils ont été suivis pendant une durée médiane de 3,01 ans. Ils ont suivi les pneumonies, les fractures, la démence, les cancers, l’insuffisance rénale chronique, le diabète et la mortalité. Ils n’ont trouvé aucune différence significative, à l’exception des infections intestinales : 1,4 % sous pantoprazole contre 1,0 % sous placebo5.
Cet essai apporte les données les plus solides dont on dispose, mais il a ses limites. Trois ans restent une durée plus courte que celle de nombreux traitements réels, et la liste des critères suivis ne comprenait pas les taux sanguins de vitamine B12 ou de magnésium5. Les signaux nutritionnels décrits plus bas ne sont donc ni confirmés ni écartés par cet essai.
Pourquoi un IPP peut-il gêner l’absorption de la vitamine B12 ?
Dans les aliments, la vitamine B12 est liée à des protéines, et l’acide gastrique participe à sa libération. En réduisant fortement cette acidité, un IPP peut diminuer l’absorption de la B12 apportée par l’alimentation6,7.
L’absorption se fait en plusieurs étapes. Dans l’estomac, l’acide chlorhydrique et une enzyme digestive détachent la B12 de sa matrice alimentaire. Elle se lie alors à une protéine de transport, puis au facteur intrinsèque sécrété par l’estomac, et ce complexe est absorbé à la fin de l’intestin grêle6. La notice de l’oméprazole précise que la moindre acidité peut réduire l’absorption de la vitamine B12, et qu’il faut en tenir compte chez les personnes dont les réserves sont faibles ou qui présentent d’autres facteurs de risque7.
La vitamine B12 ajoutée aux aliments enrichis et aux compléments se présente déjà sous forme libre et n’a pas besoin de cette étape de séparation. Les personnes qui absorbent mal la B12 des aliments absorbent normalement la B12 libre, selon les NIH américains6.
Toute prescription d’un IPP doit faire l’objet d’une réévaluation de son intérêt, rappelle la Haute Autorité de santé.
Que montre l’étude de Lam publiée dans le JAMA en 2013 ?
Cette étude a relevé qu’une prise d’IPP de deux ans ou plus était associée à un risque de carence en vitamine B12 1,65 fois plus élevé chez plus de 25 000 patients carencés1.
Les chercheurs de Kaiser Permanente, en Californie du Nord, ont comparé 25 956 patients chez qui une carence en B12 avait été diagnostiquée entre 1997 et 2011 à 184 199 patients sans carence. Parmi les personnes carencées, 12,0 % avaient reçu au moins deux ans d’IPP, contre 7,2 % chez les autres. Le rapport de cotes atteignait 1,65 (intervalle de confiance à 95 % : 1,58 à 1,73). Les antihistaminiques H2, qui réduisent moins l’acidité, étaient associés à un risque plus faible, avec un rapport de cotes de 1,251.
Un effet de dose apparaissait aussi. Au-delà de 1,5 comprimé par jour, le rapport de cotes montait à 1,95, contre 1,63 en dessous de 0,75 comprimé par jour1. Il s’agit d’une étude cas-témoins : elle montre une association forte et cohérente, sans établir qu’un IPP provoque la carence chez une personne donnée.
Les signes d’un manque de B12 s’installent lentement et peuvent mettre plusieurs années à apparaître. Ils comprennent la fatigue, des troubles neurologiques comme des fourmillements, des palpitations, une langue inflammée et une anémie à grands globules rouges6.
Le magnésium et le fer baissent-ils aussi sous IPP ?
Des taux plus bas ont été mesurés pour les deux, avec des niveaux de preuve comparables à ceux de la B12 : des études observationnelles nombreuses, sans essai contrôlé sur ces critères2,3,8.
Pour le magnésium, la FDA a ajouté en 2011 une mise en garde à tous les IPP sur ordonnance. Dans la plupart des cas rapportés, l’hypomagnésémie était apparue après plus d’un an de traitement2. Une méta-analyse de seize études et 131 507 patients a relevé une hypomagnésémie chez 19,4 % des utilisateurs contre 13,5 % des non-utilisateurs, avec un rapport de cotes ajusté de 1,718. Les agences proposent d’envisager un dosage du magnésium avant un traitement prolongé, puis régulièrement, surtout en cas de diurétique ou de digoxine2,7.
Pour le fer, la même équipe de Kaiser Permanente a comparé en 2017 77 046 patients atteints d’une carence en fer à 389 314 témoins, en excluant les personnes déjà exposées à un facteur de risque connu. Deux ans d’IPP ou plus étaient associés à un rapport de cotes ajusté de 2,49 (2,35 à 2,64). L’association augmentait avec la dose et diminuait après l’arrêt du médicament. Elle atteignait 4,27 chez les personnes qui prenaient plus de 1,5 comprimé par jour depuis au moins dix ans3.
IPP, calcium et fractures : que disent les études ?
Les méta-analyses d’études observationnelles associent la prise d’IPP à un risque de fracture modérément plus élevé, de l’ordre de 20 à 30 % pour la hanche4,9. L’essai COMPASS n’a pas retrouvé de différence sur trois ans5.
En 2010, la FDA a modifié les notices de tous les IPP pour mentionner un risque possible de fracture de la hanche, du poignet et de la colonne vertébrale. Dans les études examinées, le risque le plus élevé concernait les fortes doses ou les traitements d’un an ou plus, surtout chez les personnes de 50 ans et plus10.
Une méta-analyse de 2016 portant sur dix-huit études et 244 109 fractures a trouvé un risque relatif de 1,26 pour la hanche, 1,58 pour la colonne et 1,33 pour l’ensemble des fractures. L’hétérogénéité entre études restait notable, et les auteurs n’ont observé aucun effet de durée : moins d’un an et plus d’un an de traitement donnaient des risques semblables4. En 2019, une autre méta-analyse de 24 études et plus de deux millions de participants a obtenu un risque relatif de 1,20 pour la hanche, plus marqué aux fortes doses9.
Le lien avec le calcium reste une hypothèse. L’absence d’effet de durée cadre mal avec une simple carence qui s’installerait au fil des années, et des facteurs de confusion comme l’âge, la fragilité ou les autres traitements peuvent peser dans ces études. Le risque mérite d’être pris en compte chez une personne déjà fragile sur le plan osseux, sans être tenu pour démontré.
Que recommandent les agences pour réévaluer un traitement par IPP ?
La Haute Autorité de santé demande que toute prescription d’un IPP soit réévaluée : efficacité, qualité de vie, effets indésirables et interactions médicamenteuses11. Elle estime que plus de la moitié des usages en France ne serait pas justifiée.
Pour le reflux sans complication, la HAS fixe un traitement initial de quatre semaines et juge sa poursuite rarement justifiée, en particulier chez les personnes âgées qui prennent plusieurs médicaments. Avant de prolonger au-delà de trois mois, elle recommande d’explorer la cause et de chercher la dose minimale efficace. Elle signale aussi qu’un effet rebond de l’acidité est possible à l’arrêt, sans justifier à lui seul une nouvelle prescription11.
L’Association américaine de gastro-entérologie recommande elle aussi une revue régulière de l’indication, documentée par le médecin traitant. Elle précise que certaines personnes ne doivent généralement pas arrêter leur IPP, par exemple en cas d’œsophage de Barrett, d’œsophagite sévère ou de risque élevé d’hémorragie digestive. Elle ajoute que la décision d’arrêter doit reposer sur l’absence d’indication, et non sur la crainte d’un effet indésirable12. Arrêter ou modifier un IPP se décide donc toujours avec le médecin ou le pharmacien.
Que faut-il signaler quand on prend un IPP depuis des années ?
Il est utile de signaler au médecin ou au pharmacien la durée du traitement, la dose, les autres médicaments pris et tout symptôme nouveau. Ces informations orientent la réévaluation et les éventuels dosages sanguins.
- La durée et la dose de l’IPP, y compris les boîtes achetées sans ordonnance, que la FDA demande de mentionner2.
- La prise d’un diurétique ou de digoxine, qui fait envisager un dosage du magnésium2,7.
- Une fatigue persistante, des crampes, des fourmillements, des palpitations ou des tremblements, qui peuvent avoir de nombreuses causes2,6.
- Toute situation connue de réserves faibles en B12 ou de mauvaise absorption, pour laquelle la notice de l’oméprazole demande une attention particulière7.
- Une fracture, une ostéoporose connue ou un projet d’arrêt du traitement10,11.
Le dosage de la vitamine B12, du magnésium ou du fer se décide selon ces éléments. Ajouter un complément par-dessus le traitement se discute de la même façon, en tenant compte des résultats et des autres médicaments.
Références
Lam JR, Schneider JL, Zhao W, Corley DA Proton pump inhibitor and histamine 2 receptor antagonist use and vitamin B12 deficiency. JAMA, 2013. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
U.S. Food and Drug Administration FDA Drug Safety Communication: Low magnesium levels can be associated with long-term use of Proton Pump Inhibitor drugs (PPIs). FDA, 2011. fda.gov ↑
Lam JR, Schneider JL, Quesenberry CP, Corley DA Proton Pump Inhibitor and Histamine-2 Receptor Antagonist Use and Iron Deficiency. Gastroenterology, 2017. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
Zhou B, Huang Y, Li H, et al. Proton-pump inhibitors and risk of fractures: an update meta-analysis. Osteoporos Int, 2016. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
Moayyedi P, Eikelboom JW, Bosch J, et al. Safety of Proton Pump Inhibitors Based on a Large, Multi-Year, Randomized Trial of Patients Receiving Rivaroxaban or Aspirin. Gastroenterology, 2019. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
Office of Dietary Supplements, National Institutes of Health Vitamin B12: Fact Sheet for Health Professionals. NIH, mis à jour 2025. ods.od.nih.gov ↑
ANSM Résumé des caractéristiques du produit : MOPRAL 20 mg, gélule gastro-résistante (rubriques 4.4 et 4.8). Base de données publique des médicaments, mis à jour 2026. base-donnees-publique.medicaments.gouv.fr ↑
Srinutta T, Chewcharat A, Takkavatakarn K, et al. Proton pump inhibitors and hypomagnesemia: A meta-analysis of observational studies. Medicine (Baltimore), 2019. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
Poly TN, Islam MM, Yang HC, et al. Proton pump inhibitors and risk of hip fracture: a meta-analysis of observational studies. Osteoporos Int, 2019. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑
U.S. Food and Drug Administration FDA Drug Safety Communication: Possible increased risk of fractures of the hip, wrist, and spine with the use of proton pump inhibitors. FDA, 2010. fda.gov ↑
Haute Autorité de santé Bon usage des inhibiteurs de la pompe à protons (IPP). HAS, fiche Bon usage du médicament, 2022. has-sante.fr ↑
Targownik LE, Fisher DA, Saini SD AGA Clinical Practice Update on De-Prescribing of Proton Pump Inhibitors: Expert Review. Gastroenterology, 2022. pubmed.ncbi.nlm.nih.gov ↑