La ciprofloxacina actúa sobre las bacterias, incluida una parte de las que pueblan el intestino, lo que puede desequilibrar la flora. La alimentación ayuda a mantenerla día tras día, aportando la fibra que nutre a estas bacterias y alimentos fermentados.
La fibra de las verduras, las legumbres y los cereales integrales sirve de alimento a las bacterias intestinales. Se encuentra en la avena, la cebada, las lentejas, los garbanzos, las judías, así como en frutas como el plátano. Estos alimentos sostienen una flora variada durante el tratamiento.
Los alimentos fermentados aportan fermentos vivos: el yogur natural es el más común. La ciprofloxacina se absorbe peor con los productos lácteos tomados solos, por lo que conviene reservar el yogur para una comida de verdad en lugar de en ayunas, separado de la toma. Además de su tratamiento, estos hábitos mantienen el equilibrio intestinal.