Certains effets sont rares mais demandent une vigilance particulière. Une tendinite et une rupture tendineuse, en particulier du tendon d’Achille et parfois des deux côtés, peuvent survenir, parfois dès les 48 premières heures de traitement. Des troubles de la glycémie ont aussi été rapportés, à la fois des hypoglycémies et des hyperglycémies, avec des cas de coma hypoglycémique surtout chez des patients diabétiques ; chez eux, une surveillance de la glycémie est recommandée. Du côté du foie, des élévations mineures des enzymes hépatiques touchent 1 à 3 % des patients recevant de la ciprofloxacine, de la norfloxacine ou de l’ofloxacine, tandis qu’une atteinte hépatique cliniquement manifeste reste rare, estimée à environ 1 cas pour 100 000 expositions pour la classe des fluoroquinolones.
D’autres effets rares regroupent des réactions anaphylactiques, des convulsions, une hépatite et un syndrome de Stevens-Johnson. Les effets très rares incluent un anévrisme ou une dissection de l’aorte, une régurgitation des valves cardiaques et une insuffisance rénale aiguë. Leur rareté ne dispense pas de consulter rapidement devant une douleur tendineuse, une réaction cutanée étendue ou un malaise inhabituel.