Nell’adulto, gli effetti indesiderati più frequenti riferiti negli studi sono la diarrea (10,3 %), un aumento delle ALT (8,8 %), nausea (8,5 %), un aumento delle AST (8,4 %), una complicanza della vena infusa (7,1 %), cefalea (5,6 %), uno stato mentale alterato (5,1 %) e febbre (5,0 %). Nel bambino si riscontrano soprattutto la diarrea (11,7 %), il vomito (10,2 %), un dolore nella sede di infusione (7,0 %) e febbre (4,9 %).
Convulsioni e altri effetti sul sistema nervoso centrale sono stati riferiti con l’ertapenem: negli studi, le convulsioni si sono verificate nello 0,5 % dei pazienti. Il rischio aumenta in caso di disturbo del sistema nervoso centrale, come una lesione cerebrale o un precedente di convulsioni, o di compromissione della funzione renale. Come gli altri antibiotici, l’ertapenem può anche provocare una diarrea legata a Clostridioides difficile, talvolta grave.