En el adulto, los efectos adversos más frecuentes notificados en los ensayos son la diarrea (10,3 %), un aumento de las ALT (8,8 %), náuseas (8,5 %), un aumento de las AST (8,4 %), una complicación de la vena perfundida (7,1 %), cefaleas (5,6 %), un estado mental alterado (5,1 %) y fiebre (5,0 %). En el niño se encuentran sobre todo la diarrea (11,7 %), los vómitos (10,2 %), un dolor en el sitio de perfusión (7,0 %) y fiebre (4,9 %).
Se han notificado convulsiones y otros efectos sobre el sistema nervioso central con el ertapenem: en los ensayos, se produjeron convulsiones en el 0,5 % de los pacientes. El riesgo aumenta en caso de trastorno del sistema nervioso central, como una lesión cerebral o antecedentes de convulsiones, o de alteración de la función renal. Como los demás antibióticos, el ertapenem también puede provocar una diarrea relacionada con Clostridioides difficile, a veces grave.