Chez l’adulte, les effets indésirables les plus fréquents rapportés dans les essais sont la diarrhée (10,3 %), une augmentation des ALAT (8,8 %), des nausées (8,5 %), une augmentation des ASAT (8,4 %), une complication de la veine perfusée (7,1 %), des céphalées (5,6 %), un état mental altéré (5,1 %) et de la fièvre (5,0 %). Chez l’enfant, on retrouve surtout la diarrhée (11,7 %), des vomissements (10,2 %), une douleur au site de perfusion (7,0 %) et de la fièvre (4,9 %).
Des convulsions et d’autres effets sur le système nerveux central ont été rapportés sous ertapénem : dans les essais, des convulsions sont survenues chez 0,5 % des patients. Le risque augmente en cas de trouble du système nerveux central, comme une lésion cérébrale ou un antécédent de convulsions, ou d’atteinte de la fonction rénale. Comme les autres antibiotiques, l’ertapénem peut aussi provoquer une diarrhée liée à Clostridioides difficile, parfois sévère.