Bei Erwachsenen sind die häufigsten in Studien berichteten Nebenwirkungen Durchfall (10,3 %), ein Anstieg der ALT (8,8 %), Übelkeit (8,5 %), ein Anstieg der AST (8,4 %), eine Komplikation der infundierten Vene (7,1 %), Kopfschmerzen (5,6 %), ein veränderter Geisteszustand (5,1 %) und Fieber (5,0 %). Bei Kindern finden sich vor allem Durchfall (11,7 %), Erbrechen (10,2 %), Schmerzen an der Infusionsstelle (7,0 %) und Fieber (4,9 %).
Krampfanfälle und andere Wirkungen auf das zentrale Nervensystem wurden unter Ertapenem berichtet: In Studien traten Krampfanfälle bei 0,5 % der Patienten auf. Das Risiko steigt bei einer Störung des zentralen Nervensystems, etwa einer Hirnläsion oder Krampfanfällen in der Vorgeschichte, oder bei eingeschränkter Nierenfunktion. Wie andere Antibiotika kann Ertapenem auch einen mit Clostridioides difficile verbundenen Durchfall auslösen, mitunter schwer.