Die meisten Wirkungen von Cefepim bleiben selten und wurden in den Studien beziffert. Bei mehr als 3 000 nordamerikanischen Patienten war die häufigste Auffälligkeit ein positiver Coombs-Test ohne Hämolyse, bei 16,2 %: eine Laborreaktion, die meist keine Störung des Blutes verursacht. Eine Reaktion an der Injektionsstelle trat bei 3 % der Patienten auf, mit einer Phlebitis in 1,3 % der Fälle, und ein Hautausschlag bei 1,1 %.
Bei den höchsten Dosen, 2 g alle 8 Stunden, steigen die Zahlen etwas an: Ausschlag 4 %, Durchfall 3 %, Übelkeit 2 %, dann Erbrechen, Juckreiz, Fieber und Kopfschmerzen um 1 %. Auf Laborseite beobachtet man einen Abfall des Phosphors bei 2,8 % der Patienten, einen Anstieg der Transaminasen (ALT 2,8 %, AST 2,4 %), eine Eosinophilie 1,7 % und mitunter verlängerte Gerinnungstests (aPTT 1,6 %, Prothrombinzeit 1,4 %). Diese Auffälligkeiten lenken die Überwachung.