La mayoría de los efectos del cefepima siguen siendo poco frecuentes y quedaron cuantificados en los ensayos. En más de 3.000 pacientes norteamericanos, la anomalía más frecuente fue una prueba de Coombs positiva sin hemólisis, en el 16,2 %: una reacción de laboratorio que la mayoría de las veces no provoca ningún trastorno de la sangre. Una reacción en el punto de inyección se produjo en el 3 % de los pacientes, con una flebitis en el 1,3 % de los casos, y una erupción cutánea en el 1,1 %.
En las dosis más altas, 2 g cada 8 horas, las cifras suben un poco: erupción 4 %, diarrea 3 %, náuseas 2 %, luego vómitos, prurito, fiebre y cefaleas en torno al 1 %. En el plano biológico, se observa un descenso del fósforo en el 2,8 % de los pacientes, una elevación de las transaminasas (ALT 2,8 %, AST 2,4 %), una eosinofilia 1,7 % y pruebas de coagulación a veces alargadas (TTPa 1,6 %, tiempo de protrombina 1,4 %). Estas anomalías orientan la vigilancia.