La plupart des effets du céfépime restent peu fréquents et chiffrés dans les essais. Sur plus de 3 000 patients nord-américains, l’anomalie la plus courante était un test de Coombs positif sans hémolyse, chez 16,2 % : une réaction de laboratoire qui n’entraîne le plus souvent aucun trouble du sang. Une réaction au point d’injection est survenue chez 3 % des patients, avec une phlébite dans 1,3 % des cas, et une éruption cutanée chez 1,1 %.
Aux doses les plus fortes, 2 g toutes les 8 heures, les chiffres montent un peu : éruption 4 %, diarrhée 3 %, nausées 2 %, puis vomissements, prurit, fièvre et céphalées autour de 1 %. Sur le plan biologique, on observe une baisse du phosphore chez 2,8 % des patients, une élévation des transaminases (ALAT 2,8 %, ASAT 2,4 %), une éosinophilie 1,7 % et des tests de coagulation parfois allongés (TCA 1,6 %, temps de prothrombine 1,4 %). Ces anomalies orientent la surveillance.