Como todo antibiótico de amplio espectro, la cefuroxima no apunta solo a las bacterias responsables de la infección: también modifica la flora intestinal. Ahora bien, una parte de la vitamina K del organismo, la vitamina K2 o menaquinona, la fabrican en el intestino esas bacterias, que convierten la vitamina K1 aportada por la alimentación. Al alterar la flora, un antibiótico puede en teoría reducir esta producción. Este vínculo es plausible, pero no está cuantificado específicamente para la cefuroxima.
Algunas cefalosporinas, portadoras de una cadena lateral N-metil-tiotetrazol o NMTT, como el cefotetán, la cefamandol, la cefmetazol, la cefoperazona y el moxalactam, interfieren en el metabolismo de la vitamina K y pueden provocar una hipoprotrombinemia y sangrados. La cefuroxima no posee esta cadena NMTT. Se ha notificado una prolongación del tiempo de protrombina, o tiempo de Quick, tras la comercialización, en farmacovigilancia, sin frecuencia cuantificada.