Comme tout antibiotique à large spectre, la céfuroxime ne vise pas seulement les bactéries responsables de l’infection : elle modifie aussi la flore intestinale. Or une partie de la vitamine K de l’organisme, la vitamine K2 ou ménaquinone, est fabriquée dans l’intestin par ces bactéries, qui convertissent la vitamine K1 apportée par l’alimentation. En perturbant la flore, un antibiotique peut théoriquement réduire cette production. Ce lien est plausible, mais il n’est pas chiffré spécifiquement pour la céfuroxime.
Certaines céphalosporines, porteuses d’une chaîne latérale N-méthyl-thiotétrazole ou NMTT, comme le céfotétan, le céfamandole, le cefmétazole, le céfopérazone et le moxalactam, interfèrent avec le métabolisme de la vitamine K et peuvent provoquer une hypoprothrombinémie et des saignements. La céfuroxime ne possède pas cette chaîne NMTT. Un allongement du temps de prothrombine, ou temps de Quick, a été rapporté après commercialisation, en pharmacovigilance, sans fréquence chiffrée.