El hígado es el órgano que hay que vigilar en primer lugar. Un tratamiento prolongado se acompaña de elevaciones menores y transitorias de las transaminasas séricas en el 10 al 20 % de los pacientes, anomalías de laboratorio que en general no imponen ni ajuste de dosis ni suspensión. Con menor frecuencia, la rifampicina provoca una afectación hepática clínicamente manifiesta, con ictericia, que puede ser grave e incluso mortal, y cuyo inicio se produce típicamente de una a seis semanas después de instaurar el tratamiento. Por otra parte, la bilirrubina sérica sube a menudo durante los primeros días y luego vuelve a bajar: este fenómeno transitorio traduce una dificultad del transporte de la bilirrubina en el hígado, y no una lesión de las células hepáticas.
Otros efectos no dependen de la dosis y corresponden a reacciones de hipersensibilidad: urticaria, síndrome pseudogripal, caída de las plaquetas (trombocitopenia), destrucción de los glóbulos rojos (hemólisis) y afectación renal. A la inversa, los trastornos digestivos y la coloración anaranjada de los líquidos corporales sí dependen de la dosis. Todo signo inusual, fiebre, ictericia, erupción o cansancio marcado, se comunica sin demora al médico.