Como todo antibiótico, la clindamicina no alcanza solo la bacteria diana: afecta también a una parte de la flora del intestino grueso. Este desequilibrio puede dejar proliferar bacterias peligrosas, en particular Clostridioides difficile, y provocar una diarrea que puede llegar hasta una colitis que pone en juego la vida. Esta colitis puede aparecer durante el tratamiento, pero también hasta unos dos meses después de su interrupción.
La clindamicina figura entre los antibióticos más asociados a este riesgo, junto a las penicilinas, las cefalosporinas y las fluoroquinolonas. Una diarrea abundante, acuosa o sanguinolenta, durante o después del tratamiento, justifica un consejo médico rápido. La flora intestinal presta otros servicios al organismo: sus bacterias fabrican la vitamina K2, una de las dos formas de la vitamina K, procediendo la vitamina K1 sobre todo de las verduras de hoja verde.