Le foie est l’organe à surveiller en priorité. Un traitement prolongé s’accompagne d’élévations mineures et transitoires des transaminases sériques chez 10 à 20 % des patients, des anomalies de laboratoire qui n’imposent en général ni ajustement de dose ni arrêt. Plus rarement, la rifampicine provoque une atteinte hépatique cliniquement patente, avec ictère, qui peut être sévère voire mortelle, et dont le début survient typiquement une à six semaines après l’instauration du traitement. Par ailleurs, la bilirubine sérique monte souvent durant les premiers jours puis redescend : ce phénomène transitoire traduit une gêne du transport de la bilirubine dans le foie, et non une lésion des cellules hépatiques.
D’autres effets ne dépendent pas de la dose et relèvent de réactions d’hypersensibilité : urticaire, syndrome pseudo-grippal, chute des plaquettes (thrombopénie), destruction des globules rouges (hémolyse) et atteinte rénale. À l’inverse, les troubles digestifs et la coloration orangée des liquides corporels sont, eux, dépendants de la dose. Tout signe inhabituel, fièvre, jaunisse, éruption ou fatigue marquée, se signale sans attendre au médecin.