El efecto más frecuente es una reacción llamada de fase aguda, que aparece en los días siguientes a la perfusión y se asemeja a un estado gripal pasajero: fiebre, dolores articulares y musculares, dolores de cabeza. Se atenúa en unos días y disminuye en las perfusiones siguientes. En el conjunto del seguimiento de 3 años, los efectos adversos notificados con mayor frecuencia en el ensayo de osteoporosis son las artralgias en el 23,8 por ciento de los pacientes, la fiebre en el 17,9 por ciento, las cefaleas en el 12,4 por ciento, las mialgias en el 11,7 por ciento y el síndrome seudogripal en el 8,8 por ciento.
Un descenso notable de la calcemia, por debajo de 7,5 mg/dL, afectó a aproximadamente el 0,2 por ciento de los pacientes, sin que se observara ninguna forma sintomática, lo que justifica corregir toda hipocalcemia antes de la primera perfusión. Se han notificado dos efectos raros pero graves con los bisfosfonatos, entre ellos el ácido zoledrónico: la osteonecrosis de la mandíbula y las fracturas femorales atípicas, de baja energía. Un dolor de muslo o de ingle debe llevar a evaluar una fractura femoral incompleta.